Islahatların başarılı olabilmesi için ıslahatlara karşı çıkan ve taşrada önemli bir güç haline gelen ayanların etkisiz kılınması gerekliydi. 2. Mahmut, Anadolu ve Rumeli ayanlarını İstanbul'a çağırarak padişah ile ayanlar arasında bir sözleşme imzalanmasını sağladı.

Bu sözleşmeye göre ayanlar , merkezi otoriteyi kabul edecek ve yapılacak olan ıslahatları destekleyeceklerdi. Ayanlar padişaha sadık kalacak , asker ve vergi toplanmasına yardım edecekler , yeniçeri isyanı çıkarsa gelip bastıracaklardı. Böylece ayanların gücü padişah tarafından resmen tanınmış oldu. Sened-i İttifak ayanların merkeze bağlanmalarını sağladı. Devletin eyaletler üzerindeki otoritesi yeniden kuruldu.

2. Mahmut , askeri alanda ıslahat yaparak Sekban-ı Cedit ordusunu kurdu. Yeniçeri ocağında düzenlemeler yaptı. Çok geçmeden Alemdar aleyhine hareket başladı. Bu hareketin başlamasında padişahın Sened-i İttifak'ı imzalaması , ulemanın kendilerine değer verilmediğini düşünmelerine , Sekban-ı Cedit ocağının kurulması ve yeniçerilerin talime zorunlu tutulmaları etkili oldu. Alemdar , yeniçerilerin çıkardığı isyan sonucu öldürüldü ( 1808 ). İkinci bir yeniçeri isyanıyla da Sekban-ı Cedit ocağı kaldırıldı.